目前我国已有数十家生物柴油企业，年产量超过10万吨，主要包括海南正和生物能源有限公司、四川古杉油脂化学有限公司、福建卓越新能源有限公司等。2006年以来，生物柴油在上海、福建、江苏、安徽、重庆、新疆、贵州等地陡然升温，民企、国企乃至外企加速进入该行业。与前两年以1万吨/年以下的小规模投入不同，各地开始呈现大规模投入趋势。如安徽国风生物能源有限公司耗资5亿元的60万吨/年生物柴油（一期5万吨/年生产线已于2006年11月投产）、南京清江生物能源科技有限公司的75万吨/年生物柴油项目等。仅江苏省，就有南京、张家港、无锡3个以民企投入为主的20万吨/年的生物柴油项目。最近一段时间全国各地大大小小的生物柴油项目已近百个，在建、拟建项目总能力超过300万吨/年，大型生物柴油项目的生产原料多以菜子油、进口棕榈油为主。 目前我国生物柴油生产还在起步阶段，产业政策、技术标准、技术选型、销售模式、环境评估等各方面还不配套、不健全，也没有规范的销售渠道。对于新兴的生物柴油产业，国家目前还没有出台相应的宏观调控政策进行规范，但即将发布的《柴油机燃料调和用生物柴油国家标准》对产业的发展将产生深远影响。
我国生物柴油标准是参照美国和欧盟标准制定的。美国和欧盟生物柴油原料品种单一，生产工艺规范。而我国多以废餐饮油和植物油下脚料等劣质油为原料，生产工艺多种多样，生产设备繁简不一，生产出的生物柴油很难达到严格的国家标准。在建、拟建的以优质植物油为原料的大型生物柴油生产装置，可以生产出达到国家标准的生物柴油，但将面临原料不足和价格过高的瓶颈。我国食用油短缺，每年需进口约1000万吨的植物油才能满足国内需要。目前菜子油的市场价格是7000元/吨，生物柴油的生产成本在8000元/吨，生物柴油的销售价格在5000元/吨，如果没有财政补贴企业每生产1吨生物柴油要亏损3000元。 虽然我国的大量荒山、荒坡可以种植麻风树和黄连木等油料植物，有可能为生物柴油产业提供丰富的原料，但油料植物的种植规模、产量和价格等都尚不清楚。且从种植到收获需很长的周期，远水解不了近渴，因此原料资源不落实是制约生物柴油规模化发展的重要因素。
目前，废餐饮油是我国生物柴油的主要原料，因原料价格低廉，即使没有财政补贴企业也可获利。以废餐饮油生产的生物柴油虽然达不到国家标准，但作为燃料油和农机用油还是可以利用的。我国每年有3000万吨柴油用作燃料油，这些达不到国家标准的低档生物柴油用作燃料油也可以减少对柴油的消耗。
2006年3月15日公布实施的中华人民共和国《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》，对发展煤化工作出了明确规划。《规划》确定：发展煤化工，开发煤基液体燃料，有序推进煤炭液化示范工程建设，促进煤炭深加工转化。
